除了立法、行政和司法部门之外，还有专门独立机构，各司其职。宪法规定，宪法裁判所被赋予法律违宪审查权、弹劾审判权及解散政党决定权。宪法裁判所由九名法官组成，分别由总统、国会和大法院院长各自任命三名法官，宪法裁判所长由总统征得国会同意后从九名法官中选拔任命。中央选举管理委员会负责确保选举和国民投票的公平性，并处理政党和政治资金的相关事务。委员不得加入特定政党或从事政治活动，任期为6年，委员长从委员中互选产生。

国家人权委员会致力保护和促进国民的基本人权，确保国民能够实现人的基本尊严和价值。国家人权委员会于2001年11月成立，反映了国民在韩国民主化进程中迫切希望改善人权的意愿。国家人权委员会还负责处理在韩国生活或工作的外国人遭受人权侵害和歧视的相关问题。